Το πλοίο Μεγαλόχαρη, με αριθμό νηολόγιου 12577, έχει προγραμματισμένο έκτακτο δρομολόγιο από το Πυθαγόρειο Σάμου προς το Αγαθονήσι και επιστροφή προς το Μαραθόκαμπο Σάμου. Η αναχώρηση από το Πυθαγόρειο Σάμου έχει προγραμματιστεί για τις 10:10 το πρωί και η άφιξη στο Αγαθονήσι στις 11:30, με επιστροφή στις 11:40 προς το Μαραθόκαμπο Σάμου στις 13:20.
Από την άλλη πλευρά, το πλοίο Λέρος Express με νηολόγιο 59, πραγματοποιεί επιδοτούμενο δρομολόγιο στη γραμμή από την Αγία Μαρίνα Λέρου μέχρι το Πυθαγόρειο Σάμου, με ενδιάμεσους προορισμούς τους Λειψούς, την Πάτμο, τους Αρκιούς και το Αγαθονήσι. Το υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής επισημαίνει τη σημασία της ακτοπλοΐας για τους κατοίκους των μικρών και ακριτικών νησιών, καθώς και τη δέσμευσή του στην αντιμετώπιση τυχόν προβλημάτων.
Οι επιβάτες που επιθυμούν να μετακινηθούν από το Αγαθονήσι προς άλλους προορισμούς έχουν πλέον τη δυνατότητα να επιλέξουν μεταξύ των δύο πλοίων για τη μεταφορά τους, εξασφαλίζοντας έτσι τη συνεχή ακτοπλοϊκή σύνδεση του νησιού τους με την ηπειρωτική Ελλάδα. Η εν λόγω απόφαση αποτελεί ένδειξη της στήριξης και της προσοχής που δίνεται στις ακτοπλοϊκές μεταφορές των πολιτών των μικρών ελληνικών νησιών.